L'agricultura ecològica és una alternativa a l'opció transgènica, però a la vegada, també a la convencional. Tot i partir de la mateixa arrel, agricultura ecològica i convencional presenten algunes diferències. L'agricultura convencional ha estat l'única utilitzada durant molts segles, i té l'experiència de l'evolució cultural i biològica. Els petits agricultors han desenvolupat sistemes agrícoles complexos que els han permès satisfer les seves necessitats de subsistència.
Existeixen una gran diversitat de produccions de cultius convencionals. Els podem dividir segons la seva dependència a l'aigua (de regadiu o de secà), segons la magnitud de la producció i relació amb el mercat (de subsistència o industrial), segons els mètodes utilitzats (tradicional o industrial) o segons si es pretén obtenir el màxim rendiment o la mínima utilització d'altres mitjans de producció (extensiva o intensiva).
L'evolució d'aquesta agricultura busca sovint la maximització de la producció i la minimització dels costos, tot i que sense modificar genèticament els aliments ni els camps cultivables. Però a diferència de l'ecològica, desplega en els sòls de cultiu pràctiques que poden esdevenir perjudicials pel medi ambient. Tècniques com la crema de les restes de la collita (rostolls) o el volteig del sòl o llaurada (conreu) per controlar les males herbes i preparar el llit de sembra, incrementen problemes com l'erosió i la compactació del sòl. A més, algunes d'aquestes tècniques convencionals contaminen les aigües superficials amb fertilitzants i pesticides, disminueixen la matèria orgànica del sòl i augmenten l'emissió de CO2 a l'atmosfera.
Tot i això, l'agricultura convencional s'ha volgut desmarcar de l'agricultura transgènica. Arreu del món, també a Catalunya, s'han anant creant associacions i organitzacions en defensa d'aquest tipus de cultius, davant la progressió constant i el perill que suposen els transgènics. Un exemple és la Plataforma Transgènics Fora! o la Plataforma Som lo Que Sembrem . Són propostes per constituir un espai comú de treball amb totes aquelles persones i organitzacions disposades a col·laborar en la campanya. En aquest punt, per tant, agricultura ecològica i convencional comparteixen esforços, però el seu veïnatge no és sempre idíl·lic.